第二代SV650经过全新设计，集中火力应付现实生活中各式各样的驾驶需要。当年价钱没有多大的变动，但新车有全新骨骼、全新外型和全新供油系统。
03年SV650开始弃用化油器，改配燃油喷注系统，并配置位式油门双活阀系统来提升油门的线性反应。当骑士扭动油门时会启动主活瓣，而有16bit运算速度的ECM电控模组则会视乎当时引擎转数，油门开启角度和入风量等因素来调整副活瓣的开启角度、供油量和点火时间，以求营造出最佳燃烧和线性输出。
除此之外，全新SV650也有自动怠转调整系统，ECM能感应水箱水温度而决定副活阀的开启角度调整入风量，在冷车启动时倍感方便。在控制废气质素方面，新SV配置了「脉冲式辅助鲜风注入系统」PAIR system。在有需要时，ECM会从风盒中抽调鲜风往死气阀，以助废气彻底燃烧，减低有害物质排出。
引擎在细节间作出微调。在燃烧效率、活塞运动、凸轮形状和轴位关节等都作出改良，以求增强动力输出的平滑感。 因为供油系统更精密，动力输出更奔放的关係，水冷系统也追加了风油冷散热栅。
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